Cette complexité du monde biologique a entraîné un essai de typologie qui permettrait une analyse plus claire des problèmes susceptibles de se poser et des types de réponse qu'il serait possible d'y apporter. Le programme international UNESCO-SCOPE-UISB a proposé (Solbrig, 1991) une structure hiérarchisée de la biodiversité reposant sur trois niveaux d'approche :
- Le niveau génétique : les unités sont des gènes et les entités considérées sont des populations ;
- Le niveau spécifique : considéré à l'échelle des peuplements, les unités sont des espèces.
- Le niveau fonctionnel : considéré à l'échelle des écosystèmes, les unités sont des groupes fonctionnels, c'est à dire des ensembles d'espèces assurant plus ou moins une même fonction (communautés).
Au niveau élémentaire (niveau moléculaire) la biodiversité correspond à la diversité génétique. Elle s'établit donc au niveau de chaque unité vivante, c'est à dire de chaque organisme. Cette diversité génétique correspond en fait à deux niveaux d'approche : le niveau du visible, c'est à dire de l'apparence de l'individu considéré, en d'autre termes de son phénotype ; et le niveau de la totalité de l'information génétique incluse dans son génome, constituant son génotype.