L'outil privilégié de la conservation des ressources génétiques naturelles est constitué par différentes catégories d'aires protégées dont il sera question plus loin. C'est la préservation in situ. Elle concerne au niveau planétaire 4.545 sites couvrant 4,85 millions de km2 (3,7 % des terres émergées). Le coût de gestion des aires protégées est estimé à 200 millions de dollars US par an, soit environ 40 $US par km2 (100 francs CFA par hectare). Cette moyenne ne reflète pas les importantes variations de budget que l'on observe selon les pays et selon les écosystèmes. En Tanzanie, les coûts sont de l'ordre de 10 $/ha/an tandis qu'en France ils s'élèvent à 2600 $/ha/an (0,7 % des dépenses environnementales annuelles. Il faudrait prendre en compte les coûts résultant de la non-exploitation intensive des ressources des zones protégées. Par exemple, La protection d'une espèce menacée, le Hibou tacheté du Nord, a amené l'administration américaine à diminuer l'altitude maximale d'exploitation forestière de 950 à 750 m d'altitude, en Orégon et en Californie. Cette mesure entraînera la perte d'un millier d'emplois en foresterie.
Pour les ressources génétiques agricoles, les données sont moins accessibles. L'exemple concerne le coût opérationnel de gestion d'une banque de gènes, base de la préservation des ressources génétiques agricoles. L'effort mondial serait actuellement de 60 millions de $EU/an. C'est 0,5 % du marché mondial des semences commerciales. L'effort de la France en ce domaine correspond à la protection de 30.000 échantillons, pour un coût global de 660.000 $EU (1,2 % de l'effort mondial), effort peu en rapport avec la place que joue la France en producteur agricole et en producteur de semences, au niveau mondial.